国内刊号：22-1108/R
国际刊号：1001-5256
发布日期:
作者：肖剑寒, 刘守胜, 赵真真, 辛永宁, 宣世英
单位：青岛大学附属青岛市市立医院a.感染性疾病科;b.中心实验室
关键词：癌,肝细胞, 跨膜蛋白6超家族成员2, 数据库,遗传学, 信息学
基金： 基金项目: 国家自然科学基金面上项目(31770837)； 目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌（HCC）组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异。结果与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达（|log2FC|cut-off=0. 5,P <0. 01）。相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间（χ2=9. 897,P <0. 01）。数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个。GO分析... 来源：2019年第8期 《临床肝胆病》期刊编辑部 查看临床肝胆病杂志2019年第8期
国家自然科学基金面上项目(31770837)；
目的利用肿瘤数据库挖掘数据并分析TM6SF2在肝细胞癌（HCC）组织中的表达情况,同时探讨TM6SF2的生物学作用及功能。方法利用GEPIA数据库分析HCC组织中的TM6SF2基因mRNA水平的变化。利用OncoLnc做TM6SF2基因的表达水平与HCC患者生存期的相关性分析。利用cBioPortal数据库和LinkedOmics数据库分析TM6SF2在HCC组织中存在的表达相关基因。利用DAVID6. 8和STRING数据库对TM6SF2及其表达相关基因进行生物信息分析。用t检验验证HCC与癌旁组织基因mRNA表达差异。用Spearman相关系数分析基因表达的相关性。采用Kaplan-Meier生存分析计算生存率,采用广义log-rank检验估计生存率的差异。结果与正常肝组织相比,HCC组织中TM6SF2基因mRNA水平呈低表达（|log2FC|cut-off=0. 5,P <0. 01）。相比高表达的患者,TM6SF2低表达可明显降低HCC患者的总体生存时间（χ2=9. 897,P <0. 01）。数据分析显示,在HCC组织中与TM6SF2表达相关基因共49个。GO分析...
来源：2019年第8期
《临床肝胆病》期刊编辑部
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