国内刊号：22-1108/R
国际刊号：1001-5256
发布日期:
作者：董小鹏, 王丽娟, 赵春霖, 张建平, 潘海邦, 易剑锋, 石育弘
单位：1.甘肃中医药大学临床医学院2.甘肃中医药大学药学院3.甘肃省中药药理与毒理重点实验室4.甘肃中医药大学附属医院普外科5.甘肃中医药大学
关键词：胰腺炎,急性坏死性, 基因芯片, 基因表达, 计算生物学
基金： 基金项目: 甘肃省高校基本科研业务费项目(2018A-051)； 甘肃省第八批自然科学基金计划(1508RJZA019)； 甘肃中医药大学中青年科研基金项目(ZQN2016-4)； 目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎（AP）差异表达基因（DEGs）及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库（GEO）中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集（GSE109227和GSE65146）,使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系（PPI）并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库（CTD）针对关键基因进行治疗药物的筛选。结果从高通量芯片数据集GSE109227和GSE65146中共筛选到130个上调基因和16个下调基因。DEGs主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、TNF介导的细胞反应、正调控基因表达等生物学过程,且参与细胞外基质受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调控、白细胞内皮迁移、Focal adhesion等信号通路。在PPI网络中,共筛选出12个关键基因和6个子网络模块。miR-199a-5p、miR-1-3p等miRNAs可能作用于关键基因转录后调控。CTD数据库中筛选到染料木黄酮、白藜芦醇... 来源：2020年第3期 《临床肝胆病》期刊编辑部 查看临床肝胆病杂志2020年第3期
甘肃省高校基本科研业务费项目(2018A-051)； 甘肃省第八批自然科学基金计划(1508RJZA019)； 甘肃中医药大学中青年科研基金项目(ZQN2016-4)；
目的应用生物信息学方法筛选急性胰腺炎（AP）差异表达基因（DEGs）及相应的候选治疗药物。方法从基因表达数据库（GEO）中下载小鼠AP相关的高通量芯片数据集（GSE109227和GSE65146）,使用GEO2R筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体功能富集和通路富集分析。在String数据库中建立蛋白-蛋白相互作用关系（PPI）并利用Cytoscape软件进行可视化,筛选出子网络模块和关键基因。预测关键基因相关的miRNAs并通过比较毒物遗传学数据库（CTD）针对关键基因进行治疗药物的筛选。结果从高通量芯片数据集GSE109227和GSE65146中共筛选到130个上调基因和16个下调基因。DEGs主要参与炎症反应、中性粒细胞趋化、TNF介导的细胞反应、正调控基因表达等生物学过程,且参与细胞外基质受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架的调控、白细胞内皮迁移、Focal adhesion等信号通路。在PPI网络中,共筛选出12个关键基因和6个子网络模块。miR-199a-5p、miR-1-3p等miRNAs可能作用于关键基因转录后调控。CTD数据库中筛选到染料木黄酮、白藜芦醇...
来源：2020年第3期
《临床肝胆病》期刊编辑部
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